Né en Vendée, de parents enseignants, François Bégaudeau passe toute son enfance à Nantes. Il poursuit sa scolarité secondaire au sein du lycée Jules-Verne jusqu'au baccalauréat où il obtient une mention Très Bien. Durant toute sa jeunesse il pratique le football au sein du club de Mangin-Beaulieu et connaît des sélections en équipe fédérale ; le sport tient une place importante dans sa vie et influencera ses écrits : de son premier roman Jouer juste à la direction d'un ouvrage collectif Le sport par les gestes, en passant par des chroniques dans le journal Le Monde durant l'année 2008 pour chaque journée du championnat de France de Football de Ligue 1.

En 1989 il intègre la classe préparatoire littéraire à l'Ecole Normale Supérieure du lycée Guist'hau. En 1991 il est admissible au concours mais échoue à l'oral. Il rejoint alors l'université de Nantes où après une licence puis une maîtrise de lettres Modernes il obtient conjointement le CAPES et l'Agrégation. C'est durant ces années d'études supérieures qu'il fonde avec quelques amis le groupe punk-rock Zabriskie Point dont il est le chanteur.

Il entre dans la vie active comme professeur de français et pour son premier poste est titularisé dans un lycée sensible à Dreux. Il est ensuite affecté au collège Mozart dans le 19e arrondissement de Paris. Son statut d'agrégé lui permet de se ménager du temps pour se consacrer à l'écriture : il est alors critique aux Cahiers du Cinéma et publie en 2003 aux éditions Verticales son premier roman Jouer juste. En 2004 il fonde en compagnie d'écrivains et philosophes la revue Inculte. Suivent un autre roman Dans la diagonale (2005), et une "fiction biographique", Un démocrate, Mick Jagger 1960-1969 qui inaugure une nouvelle collection chez Naïve. Il multiplie rapidement les collaborations : pièces de théâtre pour France Culture, articles pour Transfuge ou So Foot, chroniques télévisées au sein du défunt Culture Club de France 4.

En 2006, son troisième roman, Entre les murs, lui vaut de recevoir le Prix France Culture/Télérama et la reconnaissance tant de la critique que du public puisque son livre s'écoule à plus de 170 000 exemplaires. Il profite de ce succès pour prendre une disponibilité de l'éducation nationale et peut alors répondre à de nombreuses sollicitations ou développer des projets. Il rejoint La Matinale de Canal+ où il assure la chronique littéraire du jeudi, il devient le critique cinéma du magazine Playboy (édition Française) mais surtout donne libre cours à son goût pour le collectif en participant à plusieurs ouvrages : Devenirs du roman - Une année en France : Réferendum/banlieues/CPE - Le sport par les gestes - Une chic fille. Il publie enfin un quatrième roman Fin de l'histoire, consacré à Florence Aubenas.

En 2008, son roman Entre les murs est porté à l'écran par Laurent Cantet. François Bégaudeau coécrit le scénario avec le réalisateur et Robin Campillo, puis il anime durant un an dans un collège parisien les ateliers d'improvisations qui permettent de sélectionner les jeunes acteurs. Le film, dans lequel François Bégaudeau joue par ailleurs son propre rôle de professeur, obtient la Palme d'or au Festival de Cannes 2008.